Les conflits qui animaient les différents peuples indiens facilitèrent la conquête pour les espagnols. Pedro de Alvarado envahit le territoire en 1524 par la côte sud. Il créa Santiago de Guatemala le 27 Juillet 1524. La conquête coloniale s'étendit jusqu'en 1532, jusqu'aux territoires d'Amérique centrale (Nicaragua, Costa Rica...). Ainsi, on baptisa le territoire occupé "capitainerie générale" jusqu'en 1821.
La résistance à cette conquête prit symboliquement fin avec la mort d'un héros guatémaltèque d'origine cakchiquel, Cinacan, capturé et tué en 1540.

Les espagnols imposèrent une forte autorité coloniale. Ils construisirent les villages selon une organisation précise (une place centrale où se dresse une église, les bâtiments administratifs et exécutifs, les quartiers résidentiels...) et des villes importantes, telles qu'Antigua en 1543. Antigua fût pendant 2 siècles et demi la capitale de la capitainerie générale jusqu'en 1773, puis fût détruite par le tremblement de terre de Santa Marta. Ce fût la plus belle ville d'Amérique et c'est toujours la plus belle ville Guatémaltèque.

L'époque moderne, de 1821 à nos jours.

En 1812, commence la marche vers l'indépendance. Les "cortez de Cadiz" rédigent une constitution qui doit mettre fin à la monarchie absolue du Roi François VII (fin des tributs, de l'inquisition...). En 1820, avec la liberté de presse accordée par l'Espagne, on voit naître le premier journal parlant d'indépendance et de liberté dans le pays. Le 15 septembre 1821, les autorités coloniales proclament l'indépendance du pays; celle-ci n'est pas acceptée dans certaines provinces car les postes de fonctionnaires, de dirigeants et la place de l'église catholique n'ont pas évolué.
De 1822 à 1823, le Guatemala s'unit au Mexique. Seul le Chiapas est définitivement annexé par le Mexique.

 

L'indépendance totale est signée en 1823. Par la suite, le pays s'associe à la fédération d'Amérique Centrale jusqu'en 1839. Après plusieurs républiques, Morazan est le dernier président de la fédération centre-américaine (1830-1838) à tenter de sortir le pays de l'ère coloniale. Carmera gouverne ensuite pendant 30 ans, à la tête du parti conservateur. Il gouverne le pays de manière coloniale et redonne son pouvoir à l'église catholique.

En 1871, le pays connaît une révolution libérale et coupe de nouveau avec l'ère coloniale (église catholique, oligarchie absolue...).
De 1898 à 1944, les dictatures s'enchainent. Sous Cabrera (ami du dictateur mexicain Porfirio Diaz), et Ubico, le pays est dominé par les grands propriétaires et pillé par les entreprises étrangères. Par exemple, en 1901, la United Fruit Company américaine achète d'immenses terrains pour en faire des plantations. L'intégralité de la production est exposrtée vers les Etats-Unis et la main dóeuvre employée est très mal payé. Les Etats-çUnis gagnent plus que le Guatemala dans les transactions.
Mais en 1944, la population se soulève et les choses changent pour les agriculteurs. Le nouveau président progressiste Guzman, met en place un réforme agraire et redistribue 900 000 hectares à 100 000 familles.

De la guerre civile à la démocratie

Face à ces réformes, la CIA et la United Fruit Co organisent un coup d'état en 1954. Ils installent le colonel Armas au pouvoir et rendent leurs terres à leurs anciens propriétaires. La guérilla (guerre civile) s'installe en 1962 pour 36 ans. Le bilan est désastreux : des milliers de morts, la torture, la création des escadrons de la mort... Les indiens sont les plus touchés; des villages sont rasés de la carte. En 1976, c'est un tremblement de terre qui décime un peu plus encore la population (24 000 victimes).

Les années 80 sont le théâtre d'une reprise intense de la guérilla. En 1980, l'occupation de l'ambassade d'Espagne fait 39 morts dont le père de Rigoberta Menchu. En 1981, on compte 1300 meurtres politiques dans l'année. Le général Rios Montt arrive au pouvoir après le coup d'état de 1982. 400 villages indiens sont rayés de la carte, 100 000 indiens sont tués et 10 000 se réfugient au Mexique.

Le retour à un régime civil en 1985, la médiation de l'ONU en 1990 et l'élection démocratique de 1996 mènent enfin à un accord de paix entre le président Arzu et l'URNG (Union Révolutionnaire Nationale Guatémaltèque), qui se constitue même parti politique en 1998.
Aujourd'hui, le conservateur Oscar Berger a promis le jugement des officiers impliqués dans les massacres indigènes. Le général Montt est accusé de génocide et ne bénéficie plus de son immunité parlementaire.